2003年1月政府修訂了《挑戰2008 ：國家發展重點計畫（2002-2007） 》，在十大投資重點計畫中，第三項 即「國際創新研發基地」，目標在6 年裡投注達GDP 3%於研發投資，藉 由吸引國際人才、提供研發貸款、 設立重點產業學校、成立創新研發 中心和推動中心產業科技研究，以 達成下述目標：
建設台灣在特殊領域成為亞洲 最好的創新研發基地。在厚實的製 造業能量基礎下，政府將加強鼓勵 產、學、研積極從事創新研發工 作，引進全球研發資源，建構研發 社群，培養創新科技產業，以建設 台灣成為本國企業創新研發總部， 同時成為跨國企業區域研發中心， 俾有效支援企業從事全球佈局活動 所需之技術能力，促進產業高值化 之發展目標。
2003年7月24日，竹科管理局開 始審核通過廠商進駐中科，第一批 名單是旗艦大廠友達光電、精密機 械的亞崴機電，以及國立中興大學 研發創業育成中心，明確揭櫫以旗 艦大廠帶動地方產業，進行永續經 營的創新研發。並在《為民服務 白皮書》明確說明， 創新研發是 為了「激勵科學工業園區之科學工 業從事創新技術之研究發展， 引 進學術界力量，協助園區廠商創新 技術，以提升國家產業競爭力。」 人才培訓則是為了「協助園區內廠 商訓練從業人員專業技能，及突破 訓練瓶頸，本局每年投入經費，辦 理各種專業訓練課程及一般訓練講 座，並辦理中部科學園區人才培育 計劃、科學園區專業及技術人才培 訓計畫、科技探索候鳥計畫等各種 專業訓練課程，以提昇工作職能水 準。」
2005年1月國科會「為激勵科學工 業園區之科學工業從事創新技術之 研究發展，引進學術界力量，協助 園區廠商創新技術，以提升國家產 業競爭力」，特公布修訂的《科學工 業園區創新技術研究發展獎助計畫 實施要點》，明確列出獎助研究發展 計畫的範圍，包括：創新產品相關 之基本研究與應用研究、污染防治 或能源節約之研究、市場拓展或管 理技術改善之研究、提高產品品質 或改進生產效率之研究、學術研究 成果技術擴散規劃與應用，以及與 前各項相關之研發合作。
配合國科會寬籌經費辦理「創新 技術研發產學合作獎助計畫」，中科 積極鼓勵廠商投入技術研發，2007 年度通過2家廠商之創新技術研究發 展產學合作獎助計畫，總計補助900 萬元，廠商投入1,290萬元，合計投 入研發經費2,190萬元，計畫完成後 預計可創造1億5,000萬元營業額。 2008年度預計有5家廠商技術研發案 件可獲得補助。為了鼓勵園區廠商 投入研發創新，更於2008年度開辦 「優良廠商創新產品獎」及「園區 廠商研發成效獎」之選拔，以獎勵 具創新、研發的園區廠商。
無盡的創新研發有賴人才的培 育，特別是中科在五年內爆發的巨 大能量，凸顯了中部地區科技產業 人才供需缺口急遽升高，因此，每 年編列預算辦理專業技術人才培訓 計畫，2007年度共辦理光電、半導 體、機密機械等計6個訓練課程、 共培訓222人次；另辦理3個學術講 座，以積極提升園區廠商員工的專 業技術與知識。2008年度預計可以 訓練專業技術人力約600人次以上， 將可以減少廠商人才訓練成本，同 時加速技術人力招募進度。同時， 規劃推動「高科技設備前瞻技術發 展計畫四年計畫」，藉由政策性獎勵 廠商依據重點產業技術進行前瞻設 備技術之研究開發創新技術，推動 廠商與學研機構產學合作；並藉由 產業研發人才培育，落實產學合作 理念，彌補廠商技術人才缺口。
此外，中科圍繞的大學院校數量 高居全國之冠，五年內，陸續引進7 家創新育成中心，是三園區之冠； 此外，還引進財團法人國家實驗研 究院國家高速網路與計算中心中部 知識庫格網發展中心及財團法人台 灣發展研究院中科研發中心2家研 究機構，2008年推動竹科研發能量 的工業技術研究院也順利進駐，同 時，中科並與中興大學共同籌設社 團法人組織「台灣中部科學園區產 學訓協會」。積極地透過產、官、 學、研的整合，將厚實園區內的研 發資源。